這座廟宇不僅是當地的信仰中心，更承載了「馬祖」地名由來的核心傳說，其特殊性在於「靈穴」的存在，是所有媽祖信仰者必訪的聖地。
主要沿革與歷史：媽祖靈柩安息之地
馬祖境天后宮，當地人常稱為「馬港天后宮」，位於南竿鄉馬祖村（馬港）。這座廟宇最傳奇也最核心的歷史，源自於媽祖（林默娘）昇天後的傳說。
相傳，清嘉慶年間，林默娘為營救投海救父的兄長，不幸罹難，其遺體隨海流漂流至南竿島的海岸（即今馬港天后宮前）。當地漁民發現後，感其孝行，將其厚葬於現址。村民稱其墓為「媽祖墳」或「媽祖靈穴」。
後來，因媽祖屢顯神蹟，信仰日盛，村民便在靈穴旁興建小廟奉祀。據傳，宋朝時宮廟已具雛形，元朝時曾重修，清朝時則有較大規模的擴建。現今所見的宏偉廟貌，主要是民國九十年（2001年）重建後的成果。這次重建，不僅擴大了廟宇規模，更奠定了其作為馬祖信仰中心的地位。
特色介紹：
世界唯一「媽祖靈穴」：這是馬祖境天后宮最獨一無二的特色。廟內正殿神龕前，保存著一座石柩，據傳媽祖靈柩即安葬於此。此處被視為靈穴，許多信眾會前來「鑽轎底」祈求平安，是島上最具靈氣的地方。
馬祖地名之源：據地方誌記載，因媽祖遺體漂流至此，當地人為紀念她，將此島稱為「媽祖島」，後來演變為現今的「馬祖」。
軍民共祀與戰地文化：馬祖曾為戰地，天后宮不僅是居民的信仰中心，也深受駐軍尊崇。廟內常見軍人虔誠祭拜，戰地時期更有「軍民聯防」共修廟宇的歷史，展現出特殊的戰地宗教文化。
宏偉的閩東建築風格：廟宇重建後，呈現出莊嚴大氣的閩東建築風格，其飛簷翹角、木雕石刻皆具高水準的藝術價值。廟前廣場開闊，背山面海，地勢險要。
主祀神明：
天上聖母（媽祖）
陪祀神明：
千里眼將軍
順風耳將軍
威武陳將軍（馬祖在地特有信仰）
福德正神（土地公）
境主將軍
3).地址： 連江縣南竿鄉馬祖村4-1號(0836) 22913 | 粉絲專頁