宋真宗時，避始祖趙玄朗之諱，將玄武大帝改稱真武大帝，後又加封為「真武靈應真君」。此後，宋代皇室均尊奉之，建廟虔誠奉祀，祈求玄天上帝威靈顯赫，護佑風調雨順、四境平安。元朝興於北方，統治中國後，又將真武大帝封為「玄天上帝」，於武當山建廟祭祀。

相傳，武當山即是太和山，就是玄天上帝修道飛昇之處，因此吸引許多信眾前往參拜，香火日盛興旺，成為道教之勝地。武當山原有道教「正一派」，而後又陸續傳入了「全真教」、「清微派」、「神霄派」等。派道雖有所不同，但都奉祀　玄天上帝、真武大帝，尊稱為「祖師」，弘揚道教正統，形成獨具特色的武當道教。
據說明太祖朱元璋當年得以平定天下，也曾獲得　玄天上帝的暗中助佑。因此在開國後，朱元璋也在南京建廟奉祀。其後，相傳明成祖燕王朱棣發旗誓師，準備攻入京城爭奪王位時，突然風雲四起，天昏地暗，旌旗蔽天，有一披髮神將，顯聖於前。朱棣問謀臣姚廣孝曰：「是何神?」姚廣回答：「向所言吾師玄武神也。」於是朱棣其模仿神貌，披髮仗劍，部將皆喜，以為上得天神感應，因此越戰越勇，終於成為登上皇位。獲得神助的朱棣，便下令全國各地大修真武廟，並定春季三月初三日、秋季九月初九日，及每月初一十五日，遣官祭祀之。

玄天上帝受明朝帝王的崇祀，流傳民間，蔚成信仰之主流。而玄天上帝雖是武將，斬斷妖魔、威猛無比，卻也是慈悲為懷、救苦救難的慈悲之神。信徒遭逢危難時，只要虔心恭奉玄天上帝，誦念真經，即可感應真武顯靈，驅邪仗魔，獲福消災。在民間各地，玄天上帝顯靈的神跡，至今仍然不斷上演。 玄天上帝的傳世經典有《真武本傳神咒妙經》、《北方真武妙經》、《北帝天蓬護命消災神咒經》、《北帝說豁落七元經》。另外，台灣民間曾流傳玄天上帝為屠宰業祖師之說，實為無稽之談，且對玄天上帝大為不敬，不可採信渲染。特此宣告，以重神格。

玄天上帝的稱號

全稱北方真武玄天上帝，也稱北極玄天上帝。常被簡稱為北帝、真武大帝或玄天上帝。其又有玄武大帝、北極大帝、北極佑聖真君、開天大帝、真武神、元武神等稱；俗稱上帝公、上帝爺或帝爺公。其象徵北極星與四象中的玄武，為統理北方之道教大神，北方在五行之中屬水，能統領所有水族與水上事物（故兼海神），因北方在五色中屬於黑色，又稱黑帝。玄天上帝亦是明朝鎮邦護國之神、戰神，明朝公家建了許多玄天上帝廟，並由官方祭祀。北帝據說擁有消災解困，治水禦火，護持武運及延年益壽的神力，故頗受擁戴。

在日本佛教真言宗，奉祀北辰之神妙見菩薩，亦作一手持劍（武士刀），腳踏龜蛇之像，與真武大帝有異曲同工之妙。